Após a extinção das Ordens Religiosas, em 1834, foi vendido a privados e desde essa data tem sido um exemplo de vandalismo diversificado e múltiplo, raiando, por vezes, os limites do absurdo.
No século XIX, parte da sua notável estrutura foi derrubada a fim de se construir uma linha de caminho de ferro, a actual linha do Oeste, que estabelece a ligação entre a Figueira da Foz e Lisboa. Actualmente, o comboio continua a passar a poucos metros do Mosteiro.
No século XX, foi construída e adaptada no seu interior uma fábrica de descasque de arroz. Pasme-se! Ao lado dos dois torreões da fachada principal foi construída uma enorme chaminé, hoje ocupada por um imponente ninho de cegonhas, uma vez que, entretanto, a fábrica foi desactivada, talvez em 1976. Ao longo de dezenas de anos, durante a maior parte do século XX, o Mosteiro de Santa Maria de Seiça funcionou como uma fábrica de descasque de arroz!
Hoje, o Mosteiro encontra-se num avançado estado de abandono e de degradação, tendo regressado ao domínio público, uma vez que foi adquirido pela Câmara Municipal da Figueira da Foz, no ano 2000, por duzentos mil euros.
O que resta da igreja, do claustro e de outras construções claustrais está hoje invadido por uma vegetação espessa de arbustos e de silvas. Os telhados e abóbadas estão em ruínas, tendo nos últimos anos ocorrido alguns desabamentos das coberturas.
No entanto, o robusto e multissecular mosteiro, tão antigo como a nacionalidade portuguesa, parece querer resistir. As duas oliveiras que crescem no cimo dos seus enormes torreões não parecem incomodar a idade das pedras que as suportam. A paisagem rural envolvente é de uma tranquilidade absoluta. Só as árvores são testemunhas dos novecentos anos de história do insólito, singular e desconhecido Mosteiro de Santa Maria de Seiça.
Fica-nos a esperança e a dúvida relativamente a uma possível recuperação desta progressiva ruína, assim como a satisfação de termos tido o privilégio de visitar um monumento que poderá um dia sucumbir, ou não, a tantos anos de abandono, desleixo, ignorância e vandalismo persistente.
Um país que não preserva a sua memória é um país que avança periclitante rumo ao seu incerto futuro.