Depois de, em 2013, ter suspendido as ligações com a capital da Guiné-Bissau, a TAP retoma a 1 de Dezembro os voos regulares para Bissau. Os voos no sentido Lisboa-Bissau sairão às quintas-feiras e sábados (partida às 21h50 e chegada às 2h), e no sentido Bissau-Lisboa às sextas-feiras e domingos (partida às 2h50 e chegada às 6h). Com o regresso a Bissau, a transportadora aérea nacional passa a contar com 14 destinos em África, que considera um dos seus destinos estratégicos.
A TAP deixou de viajar para a Guiné-Bissau quando, a 10 de dezembro de 2013, num voo com saída em Bissau, foi obrigada a transportar para Lisboa 74 passageiros sírios que viajavam com documentação que se havia revelado falsa. Os passageiros acabaram por pedir asilo em Portugal, mas o Governo português qualificou de “acto semelhante ao terrorismo” o embarque forçado dos passageiros no aeroporto de Bissau.
Sem terem sido devidamente explicadas as circunstâncias do episódio, a TAP suspendeu as operações para a Guiné-Bissau invocando “grave quebra de segurança” no aeroporto da capital.