Todo o projecto se baseia numa alegoria à vida de S. Francisco Xavier e aos Descobrimentos portugueses. Daí que a nave do templo, com capacidade para cinco centenas de fiéis, simule o casco de uma embarcação. Enferrujada por fora, graças a uma técnica que consiste em fundir cobre no ferro, esta parte do edifício acompanha, no interior, as formas exteriores: as paredes da igreja são curvas, com janelas em forma de óculo. No exterior, uma grande cruz de ferro deverá ficar tombada no chão. Coladas ao bojo da igreja-caravela, várias cornucópias simularão as ondas do mar.
A casa paroquial foi pintada em cor-de-laranja berrante. Rematado no topo por pequenas pirâmides no lugar do telhado, é uma alusão "à casa mourisca que o arquitecto Raul Lino [meados do séc. XX] soube respeitar", e ainda ao casario da Lisboa do séc. XVI que o missionário deixou atrás de si quando partiu de Lisboa, rumo ao Oriente. O vermelho, o verde e o branco foram também cores escolhidas para as paredes exteriores do complexo religioso. "São as cores das bandeiras indiana e portuguesa", esclarece o pároco de S. Francisco Xavier, António Colimão, nascido em Damão. É ele o grande entusiasta da obra, que só não se apresenta ainda tão profusamente colorida como nos desenhos por falta de dinheiro para tintas. Esta primeira fase da obra custou três milhões de euros. Acontece que as contribuições dos fiéis não chegam sequer a metade. O resto foi pago à custa de um empréstimo bancário contraído pela paróquia. "Estamos à espera de ofertas. Claro que o dinheiro não cai do céu", refere o padre.
A projectada torre da igreja sofre, aliás, do mesmo problema de escassez de dinheiro para subir em direcção ao firmamento. Troufa Real chegou a idealizá-la em forma de minarete, uma opção muito contestada. Mudou, no entanto, de ideias, e agora pretende levantar no Restelo uma estrutura metálica de aspecto mais leve. Para concretizar os seus intentos recorreu a um nome de peso: o pai do satélite português, Carvalho Rodrigues, está apostado em "casar a arte e a tecnologia para produzir energia" eólica e solar na torre. "Parte da torre mover-se-á, como a hélice do ADN", descreve o investigador.
Trocado o dourado pela ferrugem, o epíteto "bolo de noiva" com que a igreja-caravela foi alcunhada quando nasceu perde sentido. As alterações ao desenho inicial não são, ainda assim, suficientes para amainar o enjoo que a construção provoca no seio da própria instituição eclesiástica. Há muito à frente do Secretariado das Novas Igrejas, o departamento do patriarcado que se encarrega dos templos que vão sendo construídos, o arquitecto Diogo Pimentel não consegue explicar cabalmente o processo que culmina no próximo sábado, dia de S. Francisco Xavier, com a inauguração do contestado templo. "Discordo por completo que a igreja promova este tipo de espectáculo no meio da cidade", observa. "A mensagem que um edifício destes deve transmitir às pessoas deve ser "aqui estou eu ao vosso serviço", e não "aqui estou eu em todo o meu esplendor"".
